산업통상부 공고 제2026 - 047호

2026년도 자유무역지역 기업지원사업 주관(시행)기관 모집 공고
자유무역지역을 글로벌 수출 거점으로 지속적으로 육성하기 위하여 ‘자유무역지역 기업지원사업’ 주관(시행)기관 모집을 아래와 같이 공고하오니 동 사업에 참여하고자 하는 기관은 적극 신청하여 주시기 바랍니다
	2026년 1월 26일 산업통상부 장관

< 목 차 >

1. 사업개요

1-1. 사업 목적

1-2. 사업 기간

1-3. 대상사업 및 사업내용

2. 사업추진체계 및 역할

3. 신청자격 및 신청방법

3-1. 신청분야 및 지원조건

3-2. 신청방법 및 유의사항

3-3. 연구개발비 산정 시 유의사항

4. 평가개요

4-1. 평가일정

4-2. 평가절차

4-3. 평가방법

4-4. 평가기준

5. 사업 추진 일정

6. 근거 법령 및 관련 규정

7. 사전지원제외 대상 및 유의사항

8. 문의처

1. 사업개요

□ 사업목적

ㅇ 닥터 FTZ 운영 및 FTZ 맞춤형 교육운영사업을 통해 자유무역지역 입주기업의 수출‧매출‧고용 등 성장지원과 자유무역지역의 수출거점으로서의 역할 강화 및 지역산업 경쟁력 제고

□ 사업기간 : 협약체결일 ~ 2026. 12. 31.

□ 대상사업 및 사업내용

대상사업	사업내용	지원규모(국비)
닥터FTZ 운영	ㅇ 지역별 닥터 FTZ(전문컨설턴트) 운영·매칭 프로그램을 지원하여 선제적 기업진단을 통해 지원항목 도출 - ‘진단-처방-치료(기업지원)’를 통한 수출, 기업역량강화 등 중·장기목적을 달성할 수 있도록 지원하고, 희망 기업에 대한 추가적인 컨설팅 제공 ㅇ 입주기업 특성에 맞는 맞춤형 프로그램 진단 후, 프로그램 처방 및 솔루션 도출	22.35억원 내외 5개 과제 차등 배분* (주관기관 신규공모)
FTZ 맞춤형 교육운영	ㅇ FTZ-산업별 입주기업 특성을 반영한 교육 수요조사를 체계화하여, 관리자-실무자별 온·오프라인 병행 맞춤형 심화교육 실시 - (수요조사 체계화) 지역별‧산업별 입주기업 특성을 반영한 수요 조사, 특성별(업종, 기업규모, 입주기간 등) 교육 수요 유형화 및 커리큘럼 수립 ㅇ 사업추진기관‧입주기업 간 협력강화, 기관별 추진성과, 우수사례 공유 등을 통한 협업 강화 및 개선사항 의견수렴을 통한 성과제고 도모(하반기)	2.7억원 내외 × 1개 과제 (주관기관 신규공모)

※ 닥터FTZ운영 권역별 사업비는 기본사업비*와 추가사업비**로 구성되며, 지원규모는 변동될 수 있음

* 기본사업비(80%): 입주기업수, 수출실적, 고용실적 고려, '25년말 기준 자유무역지역 입주(가동)기업수 등 기본 통계확정 후 산정 예정

** 추가사업비(20%) 사업목표·추진계획 등 평가

※ (참고) 닥터FTZ운영 권역별 사업비 예상액

< 지역별 사업비 배분(안) >

구분	지역	사업비(백만원)			비고
		합계(100%)	기본(안)*(80%)	추가**(20%)
합계	7개지역	2,235	1,788	447
1	마산	주관기관 선정 후 확정	777	주관기관 선정 후 확정
2	군산·김제		386
3	대불·율촌		276
4	동해		100
5	울산		249

* '25.12월말 통계 집계 전으로 '25.9월말 기준 산출액, 집계 후 재산출 예정

** 추가사업비 : 1위(178백만원), 2위(112백만원), 3위(67백만원), 4‧5위(45백만원)

2. 사업 추진체계 및 역할

□ 추진체계 및 역할

										사업총괄
										산업통상부
	자유무역지역 관리원									전담기관
										한국산업기술진흥원
				닥터 FTZ 운영																										FTZ 맞춤형 교육 운영									글로벌 수출역량 강화
마산			군산·김제					대불·율촌					동해								울산									주관기관									주관기관
주관기관			주관기관					주관기관					주관기관								주관기관
기업지원전문기관 공모			기업지원전문기관 공모					기업지원전문기관 공모					기업지원전문기관 공모								기업지원전문기관 공모									교육 전문기관 공모									KOTRA

* 닥터FTZ 운영 지원사업은 필요시 컨소시엄 구성 가능

3. 신청자격 및 신청방법

□ 신청분야 및 지원조건

ㅇ 주관기관 신청분야

- (닥터FTZ 운영) 자유무역지역 내 기업지원이 가능한 기업지원 전문기관

* 주관기관과 참여기관 최대 3개 기관 이내 구성 가능하며, 참여기관 포함 시 사업계획서상 추진체계에 주관/참여로 명시되어 있어야 함

** 과제 신청·선정평가 시 참여기관 정보와 선정 이후 참여기관 정보가 상이한 경우 지원 대상에서 제외될 수 있음

- (FTZ 맞춤형 교육운영) 산단형 7개 자유무역지역 대상 맞춤형 교육 커리큘럼 수립 및 교육 운영이 가능한 기관 등

< 자유무역지역별 권역 분류 >

순번	자유무역지역	권역
1	마산	경남
2	군산	전북
3	김제
4	대불	전남
5	율촌
6	울산	울산
7	동해	강원

ㅇ 지원조건

- 주관기관(참여기관 등)은 각 자유무역지역 입주기업의 밀착지원을 위하여 입주기업 수요를 반영하고 자유무역지역관리원과 적극 협업하여 기업지원 프로그램을 구성·운영

- ‘닥터FTZ 운영’은 전국 7개 산업단지형 자유무역지역을 5개 권역으로 분류하여 권역별* 1개의 주관기관(총 5개) 선정하며, 비영리기관만 지원 가능

* 전국 단위 지원이 가능한 기관의 경우 해당 권역 외 소재한 기관도 신청 가능

- ‘FTZ 맞춤형 교육운영’의 경우 7개 산업단지형 자유무역지역 전 지역의 입주기업에 대하여 교육 운영하고, 맞춤형 교육을 위한 교육 커리큘럼 수립 및 교육 전문가 매칭 가능한 기관(기업) 지원 가능

□ 신청방법 및 유의사항

가. 신청방법

구 분	내 용
공고기간	ㅇ 2026. 1. 26.(월) ∼ 2026. 2. 13.(금) 17:00까지
접수기간	ㅇ 2026. 1. 26.(월) ∼ 2026. 2. 13.(금) 17:00까지
서식교부	ㅇ 서식은 e나라도움(www.gosims.go.kr) 공모신청에서 다운로드 가능 - 홈페이지 → 공모신청 → 공모현황 → 동 사업 공고 선택
접 수 처	ㅇ e나라도움(www.gosims.go.kr)에 온라인 등록
접수절차	① (이용자 등록) e나라도움에 등록되어 있는지 확인하고, 등록이 되어 있지 않은 경우 신규 회원 가입
	② (공모 신청) 로그인 → 사업수행관리 → 신청관리 → 사업신청관리 → 공모현황 → 동 사업 공고 선택 → 신청서 작성, 주관연구개발기관 연구책임자가 내용 입력
	③ (파일 업로드) 사업 공고에 첨부된 연구개발계획서 양식 등을 다운받아 해당 내용을 작성한 후, 파일 첨부 - 연구개발계획서는 HWP파일로 제출하되, 표지 하단에 인감 날인 스캔본을 HWP파일에 포함하여 제출 - 연구개발계획서 이외의 첨부서류는 작성 후 스캔하여 PDF파일로 제출
	④ (신청서 제출) 모든 서류 업로드 후 반드시 신청서제출 버튼을 눌러서 신청완료해야 함
유의사항	① 마감일에는 접속자 과다로 인해 전산등록이 지연되거나 장애가 발생할 수 있으며, 반드시 시간적 여유를 갖고 준비할 것 ② 접수 마감일 17:00까지 e나라도움에 최종 제출되지 않은 경우 추가 접수 불가 (마감시간 17:00에 작성 중인 경우도 접수 불가함에 유의) ③ 온라인 등록시 과제 내용 및 연구개발비(단위)에 대한 오기가 없도록 주의 ④ 필수 입력사항을 공란 또는 허위로 작성하는 경우 사전 지원제외 처리 가능 ⑤ 전산등록한 연구책임자의 E-mail 및 휴대폰번호를 통해 평가일정 등이 안내되므로 e나라도움 회원정보에 입력된 연락처를 정확히 확인 요청 ※ 잘못된 담당자, 전화번호, 이메일 등을 기재하여 발생한 평가 안내, 결과 통보 등 미수신(연락 불능)의 책임은 신청기관에 있음 ⑥ 필요시 온·오프라인 추가서류 제출을 요청할 수 있으며 제출서류는 반환하지 않음
기 타	ㅇ 신청시 e나라도움(www.gosims.go.kr)의 상단 매뉴얼 참조

나. 제출서류

No	제출서류	파일형식	제출부수	필수여부	대상
1	사업계획서(서식 1)	한글 또는 PDF	1부	필수	주관·참여기관
2	신청자격 적정성 확인서(서식 2)	한글 또는 PDF	1부	필수	주관·참여기관
3	보조사업자 대표의 참여의사 확인서(서식 3)	한글 또는 PDF	1부	필수	주관·참여기관
4	과제 참여자의 개인정보·과제정보 이용·제공 동의 및 청렴서약서(서식 4)	한글 또는 PDF	1부	필수	주관·참여기관
5	법인(신용) 정보 조회 동의서(서식 5)	한글 또는 PDF	1부	필수	주관·참여기관
6	기업신용평가확인서 * 국내 공인신용평가사에서 발급한 것을 원칙으로 하며, 확인되지 않은 경우에는 최저 등급으로 평가	한글 또는 PDF	각 1부	필수	주관·참여기관
7	보조사업자의 법인등기부 등본, 사업자 등록증 사본	한글 또는 PDF	각 1부	필수	주관·참여기관
8	기타 서류 * 신청기관이 사업목적에 따라 차질 없이 사업 영위가 가능함을 증명 할 수 있는 각종 서류 * 참여인력의 소속을 확인할 수 있는 서류 (재직증명서 등)	한글 또는 PDF	각 1부	선택	주관기관

* 제출서류 및 사업계획서가 허위이거나 거짓인 경우 관련 규정에 의거 선정 취소 및 협약 해약

다. 유의사항

ㅇ 사업계획서 내용의 증빙확인에 필요한 증빙서류는 첨부하여야 하며, 미첨부 시 불이익이 발생할 수 있음

* 첨부파일의 사업계획서 및 제출 서류 양식 참고

ㅇ 반드시 온라인 신청을 완료하여야 접수 인정

* e나라도움 공모 신청시 질의사항은 고객센터(1670-9595, 02-2006-0200)으로 문의

ㅇ 온라인 등록 시 과제 내용 및 사업비(단위)에 대한 오기 없도록 주의

ㅇ 필수 입력 사항을 공란 또는 허위로 작성하는 경우 사전 지원제외 처리 가능

ㅇ 필요시 주관기관에 제출 서류 인쇄본 및 추가 자료 등을 요청할 수 있음

* 접수된 서류는 일체 반환하지 않음

4.  평가개요

가. 평가개요

□ 평가일정

ㅇ 세부 평가일정('26.2.24. 예정)은 별도 통보 예정

□ 평가절차

공고 (산업부)	⇨	사업계획서접수 (산업부)	⇨	사업계획서 사전검토 (산업부‧한국산업기술진흥원)	⇨	사업계획서 평가 (선정평가위원회)
‘26.1월말		‘26.2월중		‘26.2월중		‘26.2월말

⇨	평가결과 확정 (산업부)	⇨	평가결과 통보 및 이의신청	⇨	협약체결 및 사업비 지급 (한국산업기술진흥원)
	‘26.2월말		‘26.2월말~3월초		‘26.3월중

* 상기 일정은 추진상황에 따라 변동될 수 있음

□ 평가방법

ㅇ 신청‧접수과제의 제출서류, 신청기관 자격 등 형식요건 일체에 대한 사전검토 후 닥터FTZ‧FTZ 맞춤형 교육 운영 선정평가 실시

ㅇ 평가위원회는 사업계획서를 중심으로 평가를 실시하며, 신청기관은 별도 발표자료(PPT 등)를 준비할 수 있으며, 총괄책임자가 발표 후 질의응답(Q&A) 실시

* 진행 상황에 따라 평가 방식은 변경될 수 있음

ㅇ (주관기관 선정) 평가결과 평점 70점 이상 받은 기관 중 점수가 높은 기관을 선정하며, 평점이 동일한 경우 평가항목의 우선순위*에 따라 동점이 나오지 않을 때까지 1순위부터 4순위까지 순차적으로 비교하여 순위를 정함

* (1순위) 사업목표, (2순위) 추진계획, (3순위) 성과 및 기대효과, (4순위) 사업비

※ 기관별 평가항목의 우선순위 점수는 평점계산 방법과 동일함

※ “닥터FTZ 운영”은 권역별로 주관기관 선정

※ 평가결과 평점 70점이상 받은 기관이 없을 경우, 예산 집행 일정상 재공고는 진행하지 않고 정책지정 방식으로 주관기관 선정 예정임

- (평점계산) 평가점수는 위원별 합계점수 중 최고점수와 최저점수를 제외한 점수의 산술평균점수로 계산(소수점 셋째자리에서 반올림)

- (종합의견) 주관기관은 종합의견서를 참고하여 사업계획 보완

ㅇ 닥터FTZ 운영 추가 사업비(20%)는 평가결과 평점 순위에 따라 차등지원

- 평점이 동일한 경우 평가항목의 우선순위*에 따라 동점이 나오지 않을 때까지 1순위부터 4순위까지 순차적으로 비교하여 순위를 정함

* (1순위) 사업목표, (2순위) 추진계획, (3순위) 성과 및 기대효과, (4순위) 사업비

※ 기관별 평가항목의 우선순위 점수는 평점계산 방법과 동일함

□ 결과발표 : 선정 기관에 개별 통보

□ 평가기준

ㅇ 닥터FTZ 운영

구분	공통지표				합계
	사업목표	추진계획	성과 및 기대효과	사업비
배점	35	40	15	10	100
가중치	100

평가항목	평가지표	평가기준	배점
사업 목표	목표의 적절성(20)	ㅇ각 FTZ 및 지역여건을 반영한 사업비전 제시 및 추진내용의 실현 가능성 ㅇ자유무역지역 기업지원사업 추진목적과의 부합성 ㅇ자유무역지역 역량강화를 위한 목표 범위의 설정에 대한 도전성과 목표 달성을 위한 의지	35
	성과지표의 타당성(15)	ㅇ자유무역지역관리원과의 협의 사항 반영 여부 ㅇ입주기업 수요조사를 근거로 한 성과지표 제시 등
추진 계획	추진계획의 구체성(15)	ㅇ추진내용의 구체성 및 월별 추진계획의 적절성	40
	사업내용의 타당성(15)	ㅇ수행기관별 지원프로그램 간 연계전략의 적절성 ㅇ인프라 활용 계획의 타당성
	지원기관의 역량(10)	ㅇ주관기관 및 인력구성의 전문성 - (참여기관 포함 시)사업목적에 적합하게 구성되었는지 여부 ㅇ수행기관별 유사사업 추진이력
성과 및 기대효과	자유무역지역 활성화 기여도(15)	ㅇ자유무역지역 기업지원사업을 통해 입주기업 지원 우수사례 발굴 및 자유무역지역 활성화에 기여 가능성	15
사업비	사업비 구성의 적절성(10)	ㅇ사업비 계상의 적절성 및 산출근거의 구체성, 사업비 배분의 적정성	10
합 계			100

* 평가 세부사항 및 평가 방식은 변경될 수 있음

ㅇ FTZ 맞춤형 교육운영

구분	공통지표				합계
	사업목표	추진계획	성과 및 기대효과	사업비
배점	35	40	15	10	100
가중치	100

평가항목	평가지표	평가기준	배점
사업 목표	목표의 적절성(20)	ㅇ각 FTZ 및 지역여건을 반영한 사업비전 제시 및 추진내용의 실현 가능성 ㅇ자유무역지역 기업지원사업 추진목적과의 부합성	35
	성과지표의 타당성(15)	ㅇ자유무역지역관리원과의 협의 사항 반영 여부 ㅇ자유무역지역 입주기업 교육을 통해 발전가능한 기업·개인 역량 목표의 타당성
추진 계획	추진계획의 구체성(15)	ㅇ추진내용의 구체성 및 월별 추진계획의 적절성	40
	사업내용의 타당성(15)	ㅇ수행기관별 지원프로그램 간 연계전략의 적절성 ㅇ인프라 활용 계획의 타당성
	지원기관의 역량(10)	ㅇ주관기관 및 인력구성의 전문성 ㅇ수행기관별 유사사업 추진이력
성과 및 기대효과	자유무역지역 활성화 기여도(15)	ㅇ자유무역지역 기업지원사업을 통해 입주기업 지원 우수사례 발굴 및 자유무역지역 활성화에 기여 가능성	15
사업비	사업비 구성의 적절성(10)	ㅇ사업비 계상의 적절성 및 산출근거의 구체성, 사업비 배분의 적정성	10
합 계			100

* 평가 세부사항 및 평가 방식은 변경될 수 있음

5. 사업 추진 일정

구 분		일 정		주 요 내 용		비 고
‘26년도 사업계획 수립 및 주관기관 모집 공고		‘26.1월		• ’26년도 자유무역지역 기업지원사업 시행계획 수립 및 닥터FTZ운영‧FTZ 맞춤형 교육운영 주관기관 모집 공고		• 산업부
사업설명회 개최 및 사업계획서 접수		‘26.2월초 ~ ‘26.2.13.		• 사업설명회 개최 : ‘26. 2. 2.(예정) • 사업계획서 접수 : ’26. 2. 13.까지		• 산업부 KIAT
주관기관 선정평가 및 주관기관 선정		‘26.2.24. ~ 2.26.(예정)		• 닥터FTZ운영‧FTZ 맞춤형 교육운영 주관기관 선정 평가 및 확정		• 산업부 KIAT
주관·참여기관 협약 및 1차 교부		‘26.3월중		• 예산 교부(산업부→전담기관) • 협약체결(KIAT↔주관기관) • 보조금 1차 지급(전담기관→주관기관)		• 산업부 → KIAT → 주관기관
진도점검 및 2차 교부		‘26.7월 ∼ 8월		• 사업수행 및 보조금 진도점검(7월) • 보조금 2차 교부(산업부→전담기관) • 보조금 2차 지급(전담기관→주관기관)		• 산업부 → KIAT → 주관기관
최종보고서 제출		‘27.1월초		• ’26년도 최종보고서 접수		• 주관기관 →KIAT
최종평가		‘27.1월중		• ’26년도 사업 최종평가 실시		• 산업부 KIAT
사업비 정산 및 실적보고서 제출		‘27.2월		• ’26년도 보조금 정산 및 실적보고서 제출 - e-나라도움 등		• 주관기관 → KIAT
사업비 잔액반납		‘27.2월		• ’26년도 보조금 잔액반납 - e-나라도움 등		• KIAT· 주관기관 → 산업부

* 상기 일정 및 주요내용은 사정에 따라 변동될 수 있음

6. 근거 법령 및 관련 규정

□『자유무역지역 지정 및 운영에 관한 법률』,『자유무역지역 지정 및 운영에 관한 법률 시행령』

□『자유무역지역 지원사업 운영 지침』

□『보조금 관리에 관한 법률』및 동법 시행령, 『국고보조금 통합관리지침(산업통상부)』

□『보조사업 실적보고서 및 정산보고서 작성지침』, 『지역산업지원사업 공통운영요령』

□ 위 규정에서 달리 정하지 않은 사항은『지역산업지원사업 공통운영요령』,『기업지원사업 평가관리지침(산업부)』 등 준용

□ 과제 공고 기간 중 상기 관련 법령 및 관련 규정이 제‧개정되는 경우, 제‧개정된 법‧규정에 따름

* 본 공고에 포함되지 않은 기타사항은 상기 관련 규정에 따라 시행함

7. 사전지원제외 대상 및 유의사항

□ 사전지원제외 대상

ㅇ 본 사업공고 내용에 부합하지 않거나, 허위 사실을 기재한 경우

ㅇ『지역산업지원사업 기업지원사업 평가관리지침』제17조(사전검토) 제1항 관련 별표2에 해당하는 경우

ㅇ『보조금 관리에 관한 법률』 제31조의2에 따라 보조사업 또는 간접보조사업의 수행대상에서 배제되거나 보조금 또는 간접보조금의 교부를 제한받은 경우

□ 유의사항

ㅇ 본 사업은 국고보조금관리시스템(e-나라도움, http://www.gosims.go.kr) 적용 대상 사업임

9. 사업설명회 및 문의처

□ 대면 설명회를 개최하여 사업이해도 제고 및 지원기관의 참여 독려

ㅇ (개최일정)  2026. 2. 2.(월)

* 상기 일정은 사정에 따라 일부 변경될 수 있음

ㅇ (개최장소) 한국기술센터 16층 대회의실

ㅇ (내    용) 자유무역지역 기업지원사업 개요 등 설명

ㅇ (기타사항) 세부일시 및 내용은 홈페이지 등을 통해 별도 공지 예정

□ 산업통상부 경제자유구역기획단

ㅇ 담당자 : 윤희정 사무관(044-203-4633, hikong@korea.kr)

□ 한국산업기술진흥원 지역산업육성실

ㅇ 담당자 : 김창균 선임연구원(02-6009-3696, dkd00921@kiat.or.kr)

붙임 1. 2026년도 자유무역지역 기업지원사업 주요내용 1부.

붙임 2. 사업계획서 제출양식 1부.

붙임 3. 관련법령 및 규정 각 1부.  끝.